胶原蛋白肽的原料以动物源性原料为主，仅少量产品使用植物源性原料。
目前市面上主流的胶原蛋白肽都来自动物加工副产物，占比最高的是水产类原料，比如深海鱼皮、鱼鳞，都是水产加工过程中产生的可利用副产物，污染小且成本可控；其次是牛骨、牛皮、猪皮等畜禽类原料，也是比较常用的原料来源；还有少数主打高端的产品，会采用海参皮、雪蛤油这类特种动物原料。只有极少数产品会用到植物源性原料，一般是大豆蛋白水解得到的肽，本身不具备胶原蛋白特有的三螺旋结构，严格来说不算真正的胶原蛋白肽原料。
不同原料的胶原蛋白肽，实际功效确实存在一定区别。深海鱼皮来源的胶原蛋白肽，分子量普遍更小，结构和人体胶原蛋白的相似度更高，人体吸收利用率更高，同时致敏性很低，适合绝大多数人群食用；畜禽来源的胶原蛋白肽成本更低，产品售价更亲民，性价比更高，但部分对畜禽蛋白过敏的人群食用后可能出现过敏反应；而植物来源的蛋白肽，基本没有补充人体胶原蛋白的作用，只能补充普通蛋白质。
选购胶原蛋白肽时，可以结合自身的过敏情况、预算来挑选对应原料的产品，优先选择来源明确、资质齐全的正规产品即可。