指甲凹凸不平最常见的原因是甲营养不良、甲真菌感染、甲周外伤，也可由银屑病、扁平苔藓等慢性皮肤病累及甲床引发，少数情况和长期接触刺激性化学物质有关。
多数人出现指甲凹凸不平，都是营养摄入不均衡导致的甲营养不良，比如长期节食减肥、挑食偏食，身体缺乏维生素A、钙、铁等营养物质，指甲生成时就会出现结构异常，表现为表面凹凸不平。如果是真菌侵犯甲床引发的甲癣，也就是灰指甲，真菌会破坏指甲的正常结构，除了凹凸不平还会伴随指甲发黄增厚、分层松垮的情况。指甲之前受过挤压、碰撞等外伤，恢复后也可能留下永久性或暂时性的凹凸痕迹，部分慢性皮肤病会累及甲母质，导致新长出来的指甲出现凹凸改变。
针对不同原因引发的指甲凹凸不平，改善方法也有区别：如果是营养不良导致的，可以先调整饮食结构，多吃蛋奶、新鲜果蔬、坚果这类富含维生素和蛋白质的食物，不要过度节食，同时减少频繁打磨指甲的频率；如果是真菌感染引发的，要及时到皮肤科就诊，遵医嘱使用抗真菌药物，坚持按疗程用药就能逐步改善；如果是其他慢性皮肤病引发的指甲问题，先控制原发疾病，病情稳定后指甲状态也会慢慢好转；平时做家务接触洗洁精、消毒液时，最好戴上橡胶手套做好防护，减少刺激性物质对指甲的损伤。
如果指甲凹凸不平的情况持续超过两个月没有好转，甚至伴随指甲变色、疼痛、甲分离等异常，一定要及时就医排查病因，不要自行用药耽误干预时机。