胶原蛋白肽是蛋白质经水解后得到的小分子衍生物，二者属于包含衍生关系，核心区别清晰，胶原蛋白肽并不等同于普通蛋白质。
从分子结构来看，普通蛋白质是由大量氨基酸连接形成的大分子化合物，分子量多在10000道尔顿以上，大多拥有复杂的空间结构，进入人体后必须经过肠胃的多重消化，被切割成小分子片段才能被吸收利用。而胶原蛋白肽本身就是蛋白质被提前切割后的小分子片段，分子量普遍在1000道尔顿以内，结构简单不需要复杂消化。其次从作用场景来看，普通蛋白质是人体通用的营养补充原料，主要作用是为人体各项组织合成提供氨基酸原料，维持基础生理活动。而胶原蛋白肽大多是针对性提取自胶原蛋白的小分子，更偏向定向补充人体皮肤、指甲、关节处的胶原，作用更精准。
对比大分子普通蛋白质，胶原蛋白肽的吸收效率要高很多。普通蛋白质需要经过胃蛋白酶、胰蛋白酶等多种酶的消化分解，整个过程不仅耗时，还会有一部分无法被完全分解，最终直接排出体外，整体吸收利用率大多在50%以内。而小分子胶原蛋白肽可以不经过消化，直接被小肠黏膜吸收进入血液循环，吸收利用率可以达到90%以上，吸收速度也比普通蛋白质快数倍。
日常补充基础营养选择天然食物中的优质蛋白质就可以满足需求，如果想要针对性改善胶原流失带来的皮肤问题，选择胶原蛋白肽补充会更高效。