胶原蛋白肽的制作原料主要是富含天然胶原蛋白的动物组织，主流来源分为水产动物和陆生禽畜两类。
目前市面上量产的胶原蛋白肽，最常用的原料是海洋鱼类的鱼皮、鱼鳞，其次是陆生牲畜的牛皮、猪皮、牛骨，部分产品也会用鸡鸭等禽皮作为原料。只有极少部分产品使用生物重组技术制备的重组胶原蛋白作为原料，占比非常低。
原料的好坏确实会直接影响胶原蛋白肽的品质和效果。优质的原料来源明确，处理工艺成熟，提取出的胶原蛋白肽纯度高、活性好，分子量可控，人体食用后的吸收率更高。而劣质原料多采用未经检验的下脚料，不仅纯度低活性差，还可能存在重金属、杂质残留的问题，不仅没效果还可能带来健康风险。
挑选胶原蛋白肽产品时，要优先关注原料来源是否合规清晰，不要只被低价或者夸大宣传吸引。