胶原蛋白的原料主要来自动物组织与生物技术发酵产物两大来源。
目前市面上绝大多数胶原蛋白产品，都采用动物来源的原料，常见的包括牛类的牛皮、牛骨，猪类的猪皮、猪骨，以及水产鱼类的鱼皮、鱼鳞，这类提取胶原蛋白的技术成熟，成本可控，是当下市场的主流选择。
随着生物技术发展，近年来重组胶原蛋白的市场占比不断提升，这类原料是通过对胶原蛋白基因进行合理序列改造，再通过酵母、大肠杆菌等微生物发酵得到，不需要从动物组织中提取，致敏性更低，纯度也远高于传统动物源胶原。按照来源划分的话，常见胶原蛋白原料一共分为猪源胶原、牛源胶原、鱼源胶原、重组胶原四大类，其中鱼源胶原因为分子量小、同源性低、疫病风险小，是口服胶原蛋白产品中最受欢迎的类型，重组胶原则更多应用在医美填充、功效护肤领域。
挑选胶原蛋白相关产品时，可根据自身的需求、肤质体质情况选择对应原料类型的产品，对动物蛋白过敏的人群建议优先选择重组胶原蛋白产品。