正常补充合格的小分子胶原蛋白肽对肠胃有一定正向作用，补充过量或选择产品不当则会对肠胃造成伤害。
从好处来说，小分子胶原蛋白肽不需要肠胃进行大量分解就能被人体吸收，能降低肠胃的消化负担，活性胶原还可以帮助修复受损的胃黏膜，改善肠道屏障功能，对轻度胃炎、肠道敏感人群有一定辅助养护作用。
从坏处来说，如果选的是大分子胶原蛋白产品，本身消化能力弱的人吃后很难分解吸收，很容易出现腹胀、便秘、消化不良的问题；不少市售胶原蛋白肽为了改善口感，添加了大量糖分、果味香精，过量摄入会刺激胃酸过度分泌，加重胃溃疡、反酸人群的不适，长期吃还可能打乱肠道菌群平衡。
至于肠胃不好能不能长期补充，只要选对合格的无添加小分子胶原蛋白肽，把每日补充量控制在10g以内，是可以长期适量补充的；但如果本身消化能力极差，或是选了添加大量多余成分的产品，就不建议长期补充，反而会加重肠胃问题。
补充胶原蛋白肽对肠胃的影响好坏，主要和产品选择、补充剂量相关，肠胃敏感人群不要盲目跟风大剂量补充，优先选无添加的小分子产品更稳妥。