胰蛋白酶主要水解精氨酸或赖氨酸羧基端的肽键，核心作用是分解细胞间质的蛋白、分离细胞；胶原蛋白酶主要水解胶原纤维中的特异性肽键，核心作用是分解胶原组织，不损伤其他活性细胞，二者作用各有侧重，多搭配使用。
胰蛋白酶是生物实验和生产中最常用的消化酶之一，最典型的应用场景是细胞培养过程中，把贴壁生长的细胞从培养瓶壁上消化下来，也可以用于分散疏松的软组织块，方便后续分离细胞。不过它的局限性也很明显，对胶原纤维的消化能力非常弱，处理纤维含量高的致密组织时，不仅消化效率低，高浓度长时间作用还会损伤细胞的活性。
胶原蛋白酶是专门针对胶原结构的酶，它只作用于胶原纤维的特异性位点，不会破坏细胞膜和其他功能蛋白，更适合处理皮肤、肌腱、肿瘤、瘢痕这类胶原含量高的致密组织。
单独使用某一种酶都很难兼顾效率和细胞活性：单独用胰蛋白酶处理致密组织，消化不彻底，最终得到的活细胞数量很少；单独用胶原蛋白酶消化速度慢，成本很高，不适合大规模实验或生产。二者联合使用的时候，胰蛋白酶会先分解包裹在胶原外的黏连蛋白，打开结构缺口，让胶原蛋白酶可以深入组织内部水解胶原纤维，既能大幅缩短消化时间，提升活细胞得率，还能降低单种酶的用量，减少对细胞活性的损伤，目前已经成为原代细胞分离、组织工程种子细胞制备中最常用的消化方案。
实际应用中需要根据目标组织的类型，调整两种酶的配比和消化时间，才能获得最好的效果。