正规操作下胶原蛋白填充仅会出现轻微的一过性副作用，若选择不正规机构或个人体质特殊，也可能出现严重的不可逆不良反应。
常见的轻微副作用多是注射后的正常应激反应，主要表现为注射部位红肿、轻微发硬、局部淤青，部分人群会出现轻度瘙痒，这类反应大多对身体没有实质性伤害。除此之外，由于胶原蛋白属于生物源性异体材料，少数过敏体质人群会出现过敏类不良反应，表现为局部红肿不消、发痒起疹。如果医生操作不规范，比如注射层次不对、剂量把控失误，或是误将胶原蛋白注入血管，还会出现皮肤凹凸不平、皮下硬结、血管栓塞，严重时甚至会引发皮肤坏死、视力损伤等极端问题。
关于胶原蛋白填充的副作用会不会消，要根据副作用的类型判断：轻微的应激性红肿淤青，一般3-7天就可以自行消退；轻度的过敏反应，遵医嘱服用抗过敏药物后1-2周也能完全消退；操作不当引发的轻度凹凸不平，也会随着胶原蛋白的逐步代谢慢慢改善，大多1-3个月就能恢复平整。但如果是严重的血管栓塞、皮肤坏死或是永久性的皮下大结节，这类副作用大多无法自行消退，不仅需要及时干预治疗，还可能留下永久性的痕迹。
做胶原蛋白填充一定要优先选择正规医疗机构和有注射资质的医生，术前完善过敏测试，术后遵医嘱做好护理，能最大程度降低副作用发生的风险。