胶原纤维染色后最常见的颜色是蓝色，根据所使用的染色方法不同，也会呈现出红色、橙红色等不同颜色。
临床病理检测和科研实验中，最常使用的胶原纤维染色方法是Masson三色染色法，这种方法染色后，胶原纤维会呈现出清晰的蓝色，胞质和肌纤维为红色，细胞核呈蓝褐色，很方便观察组织的纤维化病变，也是很多实验默认的胶原纤维染色结果。如果使用经典的Van Gieson（VG）染色法，染色后的胶原纤维会呈现出特征性的红色，肌组织为淡黄色，方便区分结缔组织和肌纤维组织。
常用的胶原纤维染色试剂主要对应不同的染色方法，Masson三色染色法使用的是Masson复合染色液，包含丽春红酸性复红液、苯胺蓝液等试剂；VG染色法使用的Van Gieson染色液，由酸性品红和苦味酸配制而成；另外科研中常用的还有天狼星红染色液，染色后可以进一步区分不同类型的胶原纤维，适用更精细的科研分析。
不同染色方法得到的颜色差异是正常现象，实验前可以根据自身的观察需求选择对应的染色方案，避免对结果产生误判。