市售大多数深海胶原蛋白肽都含有微量碘，仅少数经过深度脱碘处理的产品碘含量可忽略不计。
深海胶原蛋白肽一般提取自深海鱼类的鱼皮、鱼鳞等组织，这些原料本身生长在碘含量较高的海洋环境中，本身会富集一定量的碘，即使经过多道提纯加工，也很难将碘完全去除，正规品牌的产品碘残留量都符合国家安全标准，不会对普通健康人群造成危害。
对于不同人群来说，深海胶原蛋白肽的适用性也不一样。普通人没有碘摄入限制，不管是微量含碘还是脱碘产品，都可以正常吃，不用特意在意碘含量。而需要控制碘摄入的人群，比如处于活动期的甲亢患者，需要严格忌碘，就不建议吃普通的深海胶原蛋白肽，可以选择专门做了深度脱碘、明确标注无碘的产品；如果甲亢病情已经控制稳定，不需要严格忌碘，少量吃合格的普通产品也不会有太大影响。
如果本身存在碘摄入相关的禁忌，选购深海胶原蛋白肽时一定要提前查看产品的成分检测报告，确认碘含量符合自身需求后再购买，不要盲目选错产品。