胶原蛋白肽主要是从动物的皮、骨骼以及结缔组织中提炼而来，目前市面上产品最常用的原料来源是深海鱼皮、牛骨、猪皮这几种。
大部分商家会采用酶解法来提炼胶原蛋白肽：先对原料进行除菌脱脂处理，再用特定的蛋白酶分解大分子胶原蛋白，之后经过滤、提纯、干燥就能得到成品小分子胶原蛋白肽，这种工艺得到的肽活性高杂质少，是目前最主流的生产方式。
说完原料来源，再来说说两者的区别：普通胶原蛋白的分子量通常在30万道尔顿以上，很难直接穿过肠道壁被人体吸收，进入体内后大多会被分解成氨基酸再利用，实际利用率很低。而胶原蛋白肽的分子量大多在1000道尔顿以下，不需要经过肠胃分解，就能直接被人体吸收进入血液，运送到皮肤等组织，利用率要远高于普通胶原蛋白。
选购胶原蛋白肽产品的时候，建议优先选择来源明确的小分子产品，尽量避开添加了大量糖和香精的产品，更安全也更健康。